Kako bi adekvatno procijenili stanje zaštićenog područja i područja ekološke mreže, uspješno odredili ciljeve upravljanja i očuvanja, te definirali aktivnosti za postizanje ciljeva Javna ustanova Priroda Šibensko-kninske županije koordinator je izrade Plana upravljanja (6077) Ušće Krke, Značajni krajobraz Kanal-Luka, Značajni krajobraz Krka-donji tok, dok sudjeluje u izradi još tri Plana upravljanja:
- Plan upravljanja (7006) Krka i okolni plato (HR1000026), Značajni krajobraz Krka-gornji tok i Značajni krajobraz Čikola
- Plan upravljanja (6001) Dinara
- Plan upravljanja (6034) Cetina
Proces izrade plana upravljanja temelji se na participativnom pristupu sa uključivanjem što šireg kruga dionika i podijeljen je na četiri faze.
U izradi Plana upravljanja (6077): HR3000171 Ušće Krke, Značajni krajobraz Kanal Luka, Značajni krajobraz Krka-donji završena je druga faza izrade te se veselimo završnim dioničkim radionicama na jesen.
Izrada Planova upravljanja provodi se u okviru nacionalnog projekta „Razvoj okvira za upravljanje ekološkom mrežom Natura 2000“ financiranog iz Europskog kohezijskog fonda kroz Operativni program Konkurentnost i kohezija, kojeg provodi Ministarstvo gospodarstva i održivog razvoja.